Другими наиболее засекреченными документами ЦК были часть протоколов из обычных заседаний высших органов партии, но решаемых в секретном порядке или непосредственно протоколы закрытых (секретных) заседаний парторганов и секретных комиссий и материалы к ним, формировавшиеся в так называемые «особые папки». Точно не известно время возникновения, как комплекса документов, так и термина «Особая папка». В партийных архивных материалах пока не найден документ, официально вводивший этот термин в оборот и перечень документов, включенных в «особую папку». В любом случае можно говорить об «особой папке» как о комплексе документов особо секретного характера, отложившихся по секретным вопросам на обычных заседаниях и на секретных (закрытых) заседаниях парторганов. В основном — это секретные протоколы и подготовительные материалы к ним: черновики, стенограммы, телеграммы и т. д. По поводу времени возникновения «особой папки» среди архивистов и историков существуют различные точки зрения. Есть мнение, что «особая папка» существовала уже в 1919 году. Но, как пишет по поводу «особой папки» М. В. Зеленов: «Некоторые решения ПБ наделялись сверхсекретным содержанием и с 1923 года оформлялись как «особая папка»…. Появление «особых папок» закономерно и можно только удивляться тому, что они не появились раньше 1923 года, так как Ленин еще в августе 1921 г. предлагал выделять секретные части докладов в секретное заседание ПБ. Немногим раньше, в июле 1921 г. Ленин настаивал на особом хранении протоколов Оргбюро, написав на одном из них: «секретно, в особую обложку».
По произведенным автором работы исследованиям открытых протоколов заседаний Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК было зафиксировано, что впервые в данных документах термин «Особая папка» появляется в 1923 году. Первый закрытый протокол «Особой папки», находящийся на хранении в РГАПИ, датируется 31 маем 1923 года. В открытых протоколах первое упоминание «особой папки» мы находим в протоколе № 5 заседания Политбюро, проходившем в январе 1924 года, по вопросам НКИД — так в данном протоколе отмечено: «Решение — “Особая папка”»; в протоколе Политбюро № 40 от 11.12.24 года п. 35 — О лиге наций — «Решение — “Особая папка”». Ранее упоминание «особой папки» в открытых протоколах Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК не встречалось. Как видно, в открытых протоколах обозначался только обсуждаемый вопрос; в постановлении содержание не раскрывалось, а только кратко отмечалось: «Решение — «Особая папка». Материалы к данным постановлениям, черновики, рукописные варианты и т. д., а также текст решения хранились отдельно. Они не включались в протокол, направлялись для хранения в тематические папки Политбюро с обозначением «в протокол не вносить» или «к протоколу не прикладывать». По всей видимости, они хранились либо непосредственно в секретном архиве Политбюро, либо в архиве Бюро Секретариата (Секретного отдела). На наш взгляд, секретные протоколы и материалы к ним и составляли основную часть документов «особой папки» Политбюро. Особые протоколы оформлялись в «нескольких экземплярах и выписки из них рассылались лишь тем должностным лицам, которым предписывалось выполнять соответствующее постановление. Причем рассылалось не все решение полностью, а только тот пункт из него, который касался данного лица. Под каждым решением в особом протоколе делалось указание, кому послана его копия».
Список Парткомов высылающих свои решения в том числе и решения «Особой папки» в адрес Оргинструкторского отдела ЦК (Утверждены Секретариатом ЦК ВКП(б) 6.1.30 г.)
1. Московский промышленный обком
2. Ивановский промышленный ОК.
3. Нижегородский крайком.
4. Северный крайком.
5.3ападный обком.
6. Башобком.
7. Карелобком.
8. Крымобком.
9. Татобком.
10. Ленобком.
11. Далькрайком.
12. Сред-Аз. Бюро ЦК. 27.
13. ЦК КП(б) Узбекистана. 28.
14. Таджикский обком.
15. ЦК КП(б) Туркменистана. Заккрайком.
16. ЦК азерб. КП(б).
17. ЦК КП(б) Армении.
18. ЦК КП(б) Грузии. Казаккрайком.
19. Севкавкрайком.
20. Сибкрайком.
21. Уралобком. Средне-Волжский обком.
22. Нижне-Волжский крайком. Центрально-Черноземный обком.
23. ЦК КП(б) Украины.
24. ЦК КП(б) Белоруссии.
По признакам оформления и содержания информации «особые папки» являлись особым комплексом документов высших органов партии. Возможно, и материалы тематических папок Политбюро также входили в «особую папку». «Особые папки» формировались как в центральных органах партии, так и на местах. Один из экземпляров «Особой папки», на уровне не ниже обкома, после формирования пересылался в ЦК. Так, 11 января 1930 года, на заседании Секретариата ЦК рассматривался вопрос «О присылке в ЦК решений «Особой папки» местных парторганов», касающийся присылке «Особой папки» местных партийных органов, на котором постановили: «Обязать руководящие парторганы… своевременно высылать все свои решения, в том числе, и решения «Особой папки», в адрес Оргинструкторского отдела ЦК». К постановлению прилагалось приложение «Список Парткомов высылающих свои решения, в том числе и решения «Особой папки» в адрес Оргинструкторского отдела ЦК: Приложение 4 к пр. 176 п. 121 от 11.1.30 г.
Состав сведений (вопросов), включаемых в «особую папку», а значит, подлежащих засекречиванию, касался самых различных сторон партийной и государственной деятельности. В основном, это вопросы государственной безопасности и внутренних дел, международной, оборонной, национальной, административной, кадровой политики, рекомендации по использованию и сохранности секретных сведений и документов, контроль за соблюдением режима секретности в партийных и государственных органах, антигосударственные выступления и беспорядки, контрреволюционная и оппозиционная деятельность. Так же в «особую папку» включались решения по наиболее важным хозяйственным вопросам, выявленный компромат на руководящих сотрудников и т. д. Но, следует отметить, что вопросы военно-мобилизационного и международного характера, в конце 1930-х годов преобладали. Круг сведений, включенных в «особую папку» парторганов зависел также от статуса, географического положения, социально-экономического потенциала региона. Так, в приграничных районах, в «особую папку» включались вопросы по охране и укреплении границ, в промышленных — работы оборонных предприятий, в национальных — проблемы национальных взаимоотношений и т. д. В принципе, в «особую папку» мог быть включен любой вопрос, считавшийся парторганом особо секретным и не требующим разглашения. Определенные сведения в те или иные периоды могли носить как секретный, так и открытый характер в зависимости от сложившийся обстановки, значимости и актуальности вопроса. Ответственные сотрудники парторганов должны были следить за недопущением включения вопросов «особой папки» в общий протокол. Так, в 1941 году, не задолго до войны, ЦК дал строгое указание некоторым парткомам не вносить в открытые протоколы, секретные вопросы (секретно-мобилизационное делопроизводство, призыв и учет военнообязанных коммунистов, результаты проверки соблюдения и использования конспиративных документов ЦК, уничтожение архивных документов по оборонно-мобилизационной переписке, халатном отношении к секретным документам, состоянии хранения документов в учреждениях, вопросы закрытых писем и использовании информации закрытого характера, работы оборонных предприятий, разглашения государственной тайны, охраны и укрепления государственных границ, интернирования и переселения с приграничной полосы, укрепления паспортного режима и т. д.) и навести в этом деле порядок.