Центральный Комитет постоянно контролировал и проводил проверки шфровальных органов и ведение шифрработы в партийных комитетах. Так, по решению ЦК, в начале 1927 года Специальным отделом ОГПУ, наряду с проверкой ведения обычного секретного делопроизводства в ряде губкомов, было обследовано шифроделопроизводство в Тамбовском, Саратовском, Самарском губкомах В КП(б). После проверки, Спецотделом ОГПУ составлялись соответствующие акты в трех экземплярах, один из которых затем направлялся в Секретный отдел ЦК для дальнейшего принятия решения. В актах указывались выявленные недостатки и рекомендуемые меры по их устранению. Недостатки в основном касались ведения документации, журналов и требования к помещениям. Замеченные недостатки губкомы обязаны были устранить в кротчайшие сроки и известить об этом ЦК. Так, Тамбовский губком сообщал в Секретный отдел ЦК: «По Вашему запросу за № 9750/с сообщаем, что упорядочения обращения с конспиративными документами ЦК нами по предложениям, указанным в акте обследования спец, отдела ОГПУ проделана следующая работа: 1. По шифр. Делопроизводству. 1) Шкаф с шифр, перепиской перенесен в изолированную от доступа посторонних комнату и ежедневно по окончании занятий опечатывается. 2) Заведена книга учета шифров. 3) Шифр, переписка при окончательном исполнении немедленно подшивается в соответствующее дело с внесением в опись бумаг имеющуюся в деле, при чем шифртелеграммы подшиваются отдельно от прочей шифр, переписки. 4) В делах с шифр, перепиской за прошлые годы, начиная с 1924 г. заведены описи бумаг согласно установленной формы. Дела до 1924 г. пронумерованы, прошиты, пропечатаны и в них заводятся описи бумаг». Самарский губком сообщал: «2. В деле хранения шифр делопроизводства: а) В книге учета шифров внесены все части шифра, б) Описи в делах ведутся своевременно, в) Хранилище опечатывается ежедневно, как комната, так и несгораемый шкаф».
ЦК усилил общий контроль за шифроделопроизводством, а также принятием новых и перемещением работников шифрчастей в парторганах. По фактам нарушения установленного порядка ведения шифрделопроизводства ЦК делал соответствующие оргвыводы административного характера. Так, к примеру, на Секретариате ЦК 1 октября 1927 года рассматривался вопрос «О нарушении правил по шифропереписке секретарем Коми обкома Козловым», на котором постановили: «Объявить т. Козлову выговор за халатное отношение к шифрпереписке». В данном случае речь идет о шифротелеграммме по реализации займа индустриализации. На том же заседании слушался вопрос «О нарушении правил по шифропереписке секретарями Владимирского ГК т. Румянцевым и Вологодского ГК т. Матвеевым», по поводу которого постановили: «Указать тт. Румянцеву и Матвееву на невнимательное отношение к шифрпереписке». 18 ноября 1927 г. рассматривался вопрос «О результатах обследования шифроделопроизводства в Ферганском окружкоме КП(б)Уз», на котором постановили: «а) Объявить секретарю Ферганского окружкома т. Ульмасабаеву строгий выговор за халатное обращение с шифроперепиской (не расшифровке в течение 38 дней директивной шифровки ЦК, отсутствие регистрации и учета в шифроделопроизводстве, неудовлетворительное хранение и пр.). б) Предложить Ульмасову в 2-х недельный срок устранить недочеты, указанные в акте обследования Спецотдела». 30 декабря 1927 г. на Секретариате ЦК рассматривался вопрос «О шифроделопроизводстве в парторганизациях», на котором указывалось секретарям Мурманского, Николаевского, Челябинского, Владикавказского, Могилевского, Майкопского окружкомов, Воронежского губкома и Калмыцкого обкома на нарушение циркуляров ЦК о порядке ведения шифроделопроизводства. 23 марта 1928 года Секретариат ЦК рассмотрел вопрос «О результатах проверки ведения секретного шифрделопроизводства и обращения с конспиративными материалами ЦК в Кара-Калпакском обкоме ВКП(б)». В результате Секретариат ЦК постановил: «а) Указать секретарю Каракалпакского обкома на недопустимое обращение с конспиративными материалами ЦК и ведения секретного шифровального делопроизводства (беспорядочное состояние секретных и шифровальных дел, отсутствие регистрации и учета документов, не возврат конспиративных материалов, хранение их в ящиках столов и т. д. и т. п.). б) Предложить в двухнедельный срок со дня получения этого постановления наладить ведение секретно-шифровального делопроизводства и обращение с конспиративными документами ЦК в соответствии с правилами и указаниями, отмеченными в акте Спецотдела ОПТУ». Как видно, наказания за нарушения правил ведения шифрработы в 1920-х гг. были довольно мягкие, ограничиваясь административными мерами воздействия.
Особое внимание ЦК уделял кадровому составу, обеспечивающему шифровальную работу. Так, 2 июля 1927 года заместитель заведующего Секретным отделом ЦК Я. Е. Брезановский секретным письмом в адрес Секретариата ЦК, указал на нарушение правил проверки и назначения секретных шифрработников в 8-ми парторганизациях. В результате, 24 октября 1927 года Секретный отдел совместно с Шифрбюро разослал всем парторганизациям, имеющим шифрсвязь с ЦК ВКП(б), секретное письмо, подписанное заведующим Секретным отделом ЦК И. П. Товстухой и заведующим Шифрбюро ЦК С. Ф. Чечулиным, с сообщением о порядке согласования кандидатур шифрработников с Секретным отделом ЦК и присылкой документов кандидатов для оформления. Во исполнение постановления ЦК ВКП(б) от 30 мая 1927 года, всем парторганизациям ВКП(б), имеющим шифрсвязь, было направлено циркулярное письмо, подписанное Секретарем ЦК С. В. Косиором. В письме указывалось, что ряд парторганизаций, имеющих шифросвязь, нарушает правила движения шифрработников, чем лишает Секретный отдел ЦК ВКП(б) возможности своевременной проверки и учета лиц, допускаемых к шифроделопроизводству и создает неблагоприятные условия при работе в парторганизациях и нарушения правил конспирации. По данному делу ЦК ВКП(б) предложил парторганизациям принять к руководству ряд требований. Ведение шифроделопроизводства должно было возлагаться обязательно на членов партии со стажем не менее 3-х лет; каждое назначение и перемещение шифрработников парторганизаций должно было производиться обязательно с предварительного согласия Секретного отдела ЦК ВКП(б) с присылкой всех требуемых документов. Передача шифроделопроизводства (хотя бы и временная), должна была быть оформлена тем же порядком, как и при новом назначении, снятие и назначение шифрработников. Вновь назначаемый шифрработник допускался к шифрам и шифропереписке только при получении парторганом соответствующего извещения от Секретного отдела ЦК ВКП(б). ЦК также указывало, на не допустимость частой смены шифрработников в парторганах. Передача шифроделопроизводства без предварительного согласия с Секретным отделом ЦК ВКП(б) допускалась только в исключительных случаях (болезнь, срочное перемещение, немедленное отстранение). Обстановка, вызванная бегством в 1926 году помощника И. В. Сталина Б. Бажанова за границу, требовала усилить контроль и за кадрами Шифрбюро. Так, на Секретариат ЦК Секретным отделом был вынесен вопрос о Шифрбюро, на котором, в частности, постановили: «Поручить тов. Товстухе, совместно с тов. Федоровым (секретарем партколлектива Секретного отдела) пересмотреть состав сотрудников Шифрбюро ЦК».