К середине 1925 года введение в ЦК системы единого делопроизводства было завершено. Новая система делопроизводства привела к новой системе комплектования дел. Каждая папка теперь должна была соответствовать заседанию Оргбюро или Секретариата. В архиве Бюро Секретариата началась работа по созданию чистовых вариантов протоколов заседаний Политбюро, Оргбюро, Секретариата, к которым присоединялись и материалы к ним. Продолжалось и комплектование архивов ЦК. Так, в 1928 году Секретный архив Секретариата принял на хранение документы за 1925 год.
С 1924 года ЦК взял курс на обособление архивов партии от общегосударственной системы архивного хранения, т. е. курс на систему ведомственной принадлежности и ведомственного хранения. В связи с этим партийные документы не подлежали передачи на государственное хранение в Политическую секцию Архивов Октябрьской революции. В этом были свои плюсы и минусы. С одной стороны, все это увеличивало степень закрытости и ограничивало допуск к партийной информации, но в тоже время, с другой стороны, увеличивало и степень защиты от несанкционированного доступа извне.
Большое количество поступающих документов требовало организационной перестройки уже существующего архива ЦК РКП(б), его расширения и приближения к высшим парторганам, т. е. к главному пользователю. На заседании Оргбюро 9 февраля 1925 года был рассмотрен вопрос об архиве ЦК РКП(б), на котором постановили: «а) Расширить существующий архив ЦК РКП(б) б) Считать этот архив при Секретариате ЦК. в) Перенести этот архив в Кремль, г) Все вопросы, связанные с расширением архива ЦК и перенесением его в Кремль, поручить разработать т. Кагановичу, совместно с тов. Мехлисом при участии т. Канатчикова». В тоже время Л. З. Мехлисом был подготовлен проект более широкого и конкретного постановления, касающегося архива ЦК. В итоге на заседании Секретариата 13 марта 1925 года было принято более полное и конкретное постановление о расширении архива ЦК, в котором говорилось: «Расширить Архив ЦК, передав ему кроме хранящихся материалов, все материалы и документы, относящиеся к истории партии и хранящиеся в: а) Архиве Октябрьской революции, б) Кремлевском архиве и в) Истпарте. Примечание: Материалы по истории партии, собираемые комиссией ЦК (ОБ пр. № 42 п. 11) должны быть также переданы в архив ЦК. б) Все документы и материалы ЦК за все время его существования и деятельности обязательно должны передаваться для разборки, систематизации и хранения в Архив ЦК. в) Отделы ЦК передают в архив ЦК материалы, имеющие пятилетнюю давность, г) В Архиве ЦК выделить Оперативно-секретную часть для хранения секретных документов, д) Архив хранить в Кремле, а его Оперативно-секретную часть в Секретариате ЦК. е) Назначить Зав. архивом ЦК тов. Товстуху, поручив ему разработать штаты и положение об архиве ЦК. ж) Поручить Орграспреду ЦК в недельный срок наметить соответствующую кандидатуру в качестве зам. Зав. архивом, согласовав с тт. Товстухой и Канатчиковым. з) Вопрос в целом внести на утверждение Оргбюро ЦК». Как видно, в архивах Секретариата ЦК сосредотачивались почти все документы ЦК как исторического, так и оперативного, в том числе секретного, характера. Некоторые историки, например, М. В. Зеленов, видят в повышенном внимании ЦК к архивной работе целенаправленную деятельность И. В. Сталина, особенно в изъятии документов ЦК у ответственных партийных работников, для дальнейшего использования их в политической борьбе, прежде всего против Л. Д. Троцкого, Г. Е. Зиновьева, Л. Б. Каменева, А. И. Рыкова и т. д. Несомненно одно, то что хранение и использование партийных документов, прежде всего, секретных, проходило под контролем Генерального секретаря И. В. Сталина, через подчиненный ему аппарат.
Для хранения секретных документов в архиве выделялась Оперативносекретная часть. Сам архив переводился в Кремль, а его секретная часть непосредственно в Секретариат ЦК. Заведующим архивом назначался помощник И. В. Сталина и руководитель Бюро Секретариата И. П. Товстуха. Уже немногим более чем через год потребовалась конкретизация, и регламентация хранения документов при сосредоточении той части общего архива, которая находилась в Секретариате ЦК, т. е. наиболее важных и секретных документов. Для рассмотрения вопроса о расширении архива ЦК в мае 1925 года постановлением Оргбюро ЦК была создана комиссия в составе А. С. Бубнова, Л. З. Мехлиса, С. И. Канатчикова. Комиссии поручалось представить в Секретариат проект постановления о распределении и хранении архивных материалов. На заседании Секретариата ЦК 12 июня 1925 года было принято решение: «…при Секретариате иметь на ближайший период два архива: общий Истпарта и Секретный Бюро Секретариата. В общий архив Истпарта передавались на хранение несекретные документы. Все конспиративные документы передавались на хранение в Секретный архив Бюро Секретариата ЦК. Кроме того, снижался порог хранения документов текущего делопроизводства непосредственно в отделах ЦК с 5 до 3-х лет».
Большой объем поступающих документов в секретный архив, организация их хранения и использования, требовало увеличение штата сотрудников Бюро Секретариата. Так на заседании Секретариата 20 ноября 1925 года была удовлетворена просьба Бюро Секретариата об увеличении штата бюро на 8 человек, в том числе для организуемого Секретного архива — 5 человек. Надо сказать, что все сотрудники секретных архивов, как и все сотрудники Бюро Секретариата (Секретного отдела), являлись секретными сотрудниками ЦК, а их руководители (зав. архивами и их заместители) секретными сотрудниками Бюро Секретариата ЦК, работа которых по нагрузке приравнивалась к массовой партийной работе. Так, в списке, утвержденном Секретариатом 30 января 1925 года, мы находим Аустрину (зам. зав. архивом Политбюро), Богословскую (зав. секретным архивом Бюро Секретариата), Быкову (зав. архивом Политбюро).