Механизм проведения проверок был таков: 1. Оргбюро или Секретариат ЦК по представлению Секретного отдела ЦК выносили решения о проведении проверок соблюдения правил хранения, возврата, ознакомления, ведения секретного и шифровального делопроизводства.
2. Во исполнение данных решений и по согласованию с Секретным отделом ЦК, проверку производил Специальный отдел ОГПУ.
3. По результатам проверки Спецотделом ОГПУ составлялся акт, в котором фиксировались как положительные, так и негативные моменты и недостатки. Причем, один экземпляр акта (в середине 1920-х гг. акты подписывал начальник Спецотдела ОГПУ Г. И. Бокий, заместитель начальника отдела А. Гусев, начальник 5 отделения Спецотдела Цибизов), в котором делался общий (с оценкой) вывод и указывались меры по устранению недостатков, направлялся в Секретный отдел ЦК;
4. Секретный отдел ЦК акты анализировал, группировал, делал в виде сводок свои заключения по данным проверок и направлял сводку с приложенными актами на рассмотрение в Оргбюро или Секретариат и представлял на утверждение проект постановления ЦК по данному вопросу.
5. Оргбюро или Секретариат выносили постановления ЦК с соответствующими организационными выводами.
6. В итоге проверенные организации и партийные комитеты в обязательном порядке должны были сообщать в Секретный отдел ЦК об исправлении обнаруженных недостатках.
Так, к примеру, в августе 1926 года был проверен порядок обращения с секретными документами в Калужском губкоме ВКП(б). В результате Секретариат ЦК на заседании 20 августа 1926 года принял постановление: «…б) Поставить на вид секретарю Калужского губкома за недопустимое обращение с конспиративными материалами ЦК (регистрация и хранение документов ЦК не в надлежащем порядке, передача их в органы Центроархива), «….Упорядочить обращение с конспиративными материалами, согласно соответствующих правил ЦК, а также указаний Спецотдела ОГПУ, перечисленных в актах проверки. О принятых в этом направлении мерах сообщить в ЦК в двухнедельный срок». В результате, в письме Калужского губкома, во исполнение данного постановления, в Оргбюро объяснялись причины и сообщалось о принятия мер к устранению недостатков.
В сентябре 1926 года Секретный отдел направил в Секретариат ЦК ВКП(б) «Сводку нарушений установленных правил обращения с конспиративными документами ЦК, обнаруженных обследованием Спецотдела ОГПУ», произведенных у ряда должностных лиц. В результате чего выходит постановление Секретариата ЦК: «…Обязать перечисленных выше товарищей упорядочить обращение с конспиративными документами ЦК согласно существующих правил, а также указаний Спецотдела ОГПУ перечисленных в актах проверки. О принятых в этом отношении мерах сообщить ЦК — в двухнедельный срок». В результате в двухнедельный срок в ЦК было сообщено о причинах сложившегося положения и принятых мерах.
В январе 1926 года Спецотделом ОПТУ был проверен порядок пользования и хранения секретных документов ЦК в Самарском, Тамбовском, Рязанском, Воронежском и Саратовском губкомах, у кандидата в члены ЦК ВКП(б) Варейкиса, членов ЦКК К. М. Кудряшова, Я. К. Абеля, М. О. Разумова. Обследование показало, что из всех проверенных организаций и лиц, только у М. О. Разумова дело обстояло благополучно. У всех остальных было обнаружен ряд упущений и недостатков, являющихся нарушением правил конспирации (выдача документов на дом и при выезде в командировки, отсутствие надлежащего учета, допуск к документам лиц, не утвержденных ЦК, не соблюдение сроков возврата и условий хранения документов и т. д.). Наряду с проверкой ведения секретного делопроизводства, в данном случае в Тамбовском, Саратовском, Самарском губкомах проверялось и ведение шифрработы. В июне 1926 года был проверен НКИД и Бюро заграничных ячеек ЦК ВКП(б). В результате проверки в Бюро состояние дела отмечалось как неудовлетворительное. В сентябре — октябре того же года были проверены высшие государственные органы страны — Управления делами СНК СССР и СТО, аппарат ЦИК, а также Карельский обком ВКП(б). В результате были выявлены фактически такие же случаи халатного отношения к работе с секретными документами ЦК (хранение на квартире, не возврат в установленный срок, отсутствие допуска, регистрации и учета). В ноябре 1926 года на заседании Секретариата ЦК рассматривались результаты очередной проверки соблюдения правил обращения с конспиративными документами ЦК. Следует заметить, что постановление по данному вопросу было занесено не в открытую часть протокола, а уже в «особую папку». Проверке подвергались не только партийные комитеты и должностные лица, но и секретные подразделения ведомств. В наиболее значимых случаях дела передавались на рассмотрение ЦККВКП(б). На заседаниях Президиума ЦКК по данным вопросам всегда присутствовали представители органов государственной безопасности. Так от ОПТУ на заседаниях присутствовали начальник Специального отдела ОГПУ Г. И. Бокий, начальник V отделения этого же отдела Цибизов и А. Гусев. В особых случаях ЦК не ограничивался принятием только административных мер, а при обнаружении виновных ОГПУ поручалось передавать дела в прокуратуру, т. е. для привлечения к уголовной ответственности.
Производимые проверки выявляли также и недочеты в данной работе и со стороны самого ЦК. Так, исходя из результатов проверок, Специальный отдел ОГПУ в 1926 году приходит к заключению о необходимости приведения нормативных документов ЦК в соответствие с новыми условиями. Так, в письме Спецотдела ОГПУ, направленном в Секретный отдел ВКП(б): «…считает необходимым обратить Ваше внимание на крайнюю необходимость выработки и предоставления соответствующей твердой инструкции о порядке пользования и хранения секретных материалов ЦК, Политбюро и ЦКК, так как практика обследования показала нам, что существующие ныне правила по хранению и пользованию указанными материалами частично отжили свое время указаний, как хранить, учитывать и пользоваться названными материалами». Далее в решении Секретариата ЦК по данному вопросу указывалось на недопустимость нарушений правил обращения с конспиративными документами и предлагалось в двухнедельный срок привести в соответствие с существующими правилами и указаниями Спецотдела ОГПУ, приведенными в актах обследования, что, судя по присланным затем в Секретариат ЦК сообщениям секретарей губкомов, и было сделано. В итоге, принимая во внимание озабоченность и рекомендации Секретного отдела ВКП(б) и Специального отдела ОГПУ по поводу результатов проверок, ЦК было принято решение разработать новую инструкцию. Вскоре была разработана и 5 мая 1927 года на Политбюро ЦК окончательно утверждена инструкция «О пользовании секретными материалами». Как видно, здесь мы наблюдаем обратную связь и взаимодействие органов госбезопасности и ЦК по данному вопросу.