Усиление внутриполитической борьбы со сторонниками Л. Д. Троцкого, также требовали от Политбюро, усиления конспирации. К примеру, на Политбюро, а затем на Пленуме ЦК и ЦКК, 23 апреля 1929 года был рассмотрен вопрос, а затем принято постановление «О конспирации». Пункт «ж» резолюции данного постановления прямо указывал «О внутрипартийных делах». В постановлении Пленума говорилось: «Установить специальные меры — вплоть до исключения из ЦК и из партии, — могущие гарантировать секретность решений ЦК и Политбюро ЦК и исключающие возможность информирования троцкистов о делах ЦК и Политбюро». В связи с этим членам ЦК и ЦКК было предложено «безусловно выполнять» постановление о том, что «секретарями членов ЦК и ЦКК, получающими секретные документы, могут быть лишь люди проверенные и обязательно коммунисты». Членам ЦК и ЦКК
было предложено обязать всех своих секретарей «строжайше соблюдать правила секретности», а И. В. Сталину поручено «произвести тщательную проверку секретарей членов ЦК и ЦКК и других товарищей, получающих секретные материалы».
Постановлением 9 мая 1929 года Политбюро обязало Секретариат принять меры к строжайшему исполнению постановления Пленума ЦК и ЦКК от 23 апреля 1929 года «О конспирации». Окончательно постановление «О конспирации» было утверждено 16 мая 1929 года. Во исполнении данного постановления, в целях наибольшего обеспечения конспиративности документов ЦК, был проведен ряд организационнотехнических мероприятий. В частности, был ликвидирован институт доверенных по 2-ой категории, т. е. получавших секретные документы ЦК без права вскрытия. Секретариат ЦК рекомендовал всем лицам, получавшим документы через доверенных, получать и хранить секретные документы лично и возвращать их либо лично, либо через специально выделенного сотрудника Секретного отдела ЦК. Секретному отделу ЦК, в свою очередь, предлагалось максимально упростить порядок возврата секретных документов. Доверенных с правом вскрытия, хранения и возврата документов оставили только у членов и кандидатов в члены Политбюро, членов Оргбюро и Секретариата ЦК, Президиума ЦКК, выделенных для присутствия на заседаниях Политбюро и Оргбюро. Комиссии в составе Б. А. Ройзейнмана, В. И. Полонского, Г. И. Бокия, Я. С. Агранова, И. П. Товстухи (с заменой А. Н. Поскребышевым),
М. А. Трилиссера и И. А. Пятницкого поручалось тщательно проверить секретарей и доверенных, а также весь состав сотрудников Секретного отдела. По данному постановлению подтверждался 3-х дневный срок возврата протоколов Политбюро и рекомендовалось в случае не возврата протокола в указанный срок следующего протокола не высылать. Подтверждалось также к неуклонному исполнению постановление Политбюро от 5 мая 1927 года «О пользовании секретными материалами».
В конце 1920-х годов была проведена унификация состава секретных органов и установлена стандартная номенклатура должностей секретных аппаратов учреждений и организаций. В центральных аппаратах ВСНХ, НКИД, НКТ, НКПС были созданы секретные отделы, а в остальных наркоматах секретные части; в главках, управлениях и отделах секретные части и секретные отделения соответственно. Номенклатура должностей секретных органов включала: заведующий; инструкторы; секретари (помощники секретарей); корреспонденты; старшие машинистки (машинистки); архивариусы. Структура секретных органов предусматривала секретное делопроизводство, машбюро, чертежное бюро, стенографическое бюро, группа контроля, группа по учетно-распределительной работе, бюро пропусков и справок. Конкретный состав секретных органов определялся наркоматами по согласованию со Специальным отделом ОГПУ. Как уже было отмечено выше, с 1928 года шифровальное делопроизводство было отделено от секретного. Службы защиты информации техническими средствами имели разные названия: шифровальные отделы или бюро, секретные части, подотделы секретного делопроизводства и т. д. Все они также являлись секретными подразделениями.
На протяжении 1920-1930-х гг. в высших органах партии продолжали подниматься вопросы соблюдения режима секретности по отдельным вопросам. Так, к примеру, 25 июня 1929 года на Политбюро рассматривался вопрос о порядке опубликования резолюций ЦК по докладам хозяйственных органов. В данном случае Политбюро постановило: «Признать необходимым опубликование резолюций ЦК по докладам хозяйственных органов и с изъятием отдельных пунктов, имеющих секретный характер и с приложением отдельных пунктов с финансовыми ассигновками». 5 января 1939 года на заседании Оргбюро был поднят вопрос о порядке возврата повесток и выписок из протоколов заседаний Оргбюро и Секретариата ЦК, на котором установили 7-ми дневный срок возврата выписок со дня получения их адресатом и повесток — немедленно после состоявшегося заседания. Отделам ЦК разрешалось оставлять выписки из протоколов на более длительный срок под личную ответственность зав. отделом.
В 1930-е — начало 1941 гг., одним из направлений деятельности высших органов партии по обеспечению конспирации по-прежнему была организация работы по созданию правовой базы по обеспечению режима секретности в виде подготовки распорядительных, нормативных и инструктивных документов. В соответствии с постановлениями Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК были разработаны «Правила хранения, ознакомления и возврата протоколов заседаний бюро и Пленумов обкомов, крайкомов и ЦК компартий союзных республик». Взамен инструкции 1928 года, была разработана и 28 июня 1940 г. утверждена «Инструкция о постановке секретного делопроизводства в обкомах, крайкомах и ЦК республик. Время от времени в ранее действующие инструкции и положения вносились изменения и дополнения. Так, например, в октябре-ноябре 1940 года на Секретариат ЦК было вынесено предложение Б. А. Двинского о некоторых изменениях в постановке секретного делопроизводства в обкомах, крайкомах, ЦК компартий союзных республик. Изменения касались порядка подписи и оформления документов, а также срока их возврата.