В партийном аппарате также необходимо было упорядочить работу с секретными документами. Вопросы соблюдения секретности при работе с партийной информацией не раз поднимались отдельными членами ЦК. Так, помощник Секретаря ЦК, Назаретян предлагал 22 ноября 1922 года в письме в Секретариат ЦК РКП(б): «В связи с наблюдающимися случаями: а) передачи выписок из решений ЦК лицами, получающими выписки, лицам, коим не надлежит иметь таковые, б) ссылок (письменных) в советском делопроизводстве и в делопроизводстве профсоюзов на решения парторганов, в) хранения выписок в делах советских и профсоюзных учреждений считаю необходимым, чтобы ЦК вынес следующее постановление: 1. Круг лиц, коим должны рассылаться выписки из протоколов ЦК РКП, партийных комитетов и отдельные распоряжения секретарей ЦК и парткомов определяется одним из секретарей ЦК и секретарями парткомов и адресуются им персонально. 2. Безусловно воспрещается передача выписок и отдельных распоряжений ЦЕКА и парткомов лицам коим выписка или распоряжение не адресовано. 3. Выписки и отдельные распоряжения ЦК и парткомов надлежит хранить в особых личных делах и, не в коем случае, не допускается приложение их к советскому и профсоюзному делопроизводству. 4. Безусловно воспрещается копирование выписок и распоряжений ЦК и парткомов, а также письменная ссылка в советском и в профсоюзном делопроизводстве на решения партии. 5. О всех случаях нарушения этих решений ЦЕКА доводит немедленно до сведения секретаря ЦЕКА РКП для предания виновных к строжайшей партийной ответственности». Эти предложения были приняты во внимание при разработке инструкций и циркулярных директивных документов ЦК по работе с секретными партийными документами. Так, постановлением Оргбюро ЦК от 30 ноября 1922 года в партийных структурах был принят и вводился в действие «Порядок хранения секретных постановлений ЦК РКП(б)», который для лучшего запоминания решено было печатать на оборотной стороне выписок из протоколов заседаний Оргбюро. Особо следует отметить, что этим постановлением принималось кардинально принципиальное решение, — партийное делопроизводство было отделено от советского и профсоюзного. Этим документом, было положено начало системы отдельного ведения партийного делопроизводства, в том числе и секретного.
Секретными (конспиративными) документами ЦК считались протоколы Пленумов, Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК, Комиссий ЦК, а также другие материалы и документы (выписки из постановлений и решений и т. п.) ЦК с грифами секретности: «секретно», «строго секретно», «особая папка». Поэтому к протоколам заседаний высших органов партии большевики относились наиболее серьезно. Одним из способов, которым использовался партийный аппарат по защите информации в протоколах, было то, что ЦК старался оставлять как можно меньше письменных источников по тому или иному вопросу в повестки дня заседаний. В. И. Ленин, к примеру, был противником фиксаций всех вопросов в протоколе Политбюро. В январе 1922 г. он писал: «Ввиду того, что мы здесь в Москве окружены шпионами меньшевиками и полуменьшевиками, не вносить этого (и подобных) предложений в протокол Политбюро, а записывать их отдельно… нигде, ни в бумагах, ни в шифровках, не упоминать директив Политбюро».
В целях защиты информации многие заседания Политбюро, особенно в начале 1920-х годов, вообще не оформлялись в виде протокола. Имелась даже практика устного решения вопросов. Далее, в основе своей, секретные вопросы оформлялись в глухой нераспространенной форме. В 1923 году было принято решение, что в протоколы Политбюро записывались только решения. Даже обычные протоколы Политбюро имели гриф «совершенно секретно». Секретные пункты обычных протоколов с 1924 года имели лишь ссылку — «См. особая папка». Это формулировка говорила об особой важности вопроса и степени секретности документа. Секретные протоколы закрытых заседаний оформлялись и откладывались в «особой папке». Чтобы избежать политических интриг, В. И. Ленин также был против стенографирования заседаний Политбюро. В отличие от него, к примеру, И. В. Сталин, в будущем часто использовал их в политической борьбе. Начиная с 1923 года, стенографировались доклады и заключения. Прения по вопросам стенографировались только по решению Политбюро. В том же году Оргбюро ЦК принял «Инструкцию о порядке пользования выписками из протоколов и отдельных распоряжений парткомов». В дополнение к принятым нормативным документам, ЦК принимает меры по усилению охраны помещений Бюро Секретариата.
Инструкции по соблюдению секретности и работе с секретными документами партии разрабатывались совместно Секретным отделом ЦК, Специальным отделом ОГПУ (СПЕКО) и утверждались на Политбюро, Оргбюро, Секретариате ЦК. Кроме составления и введения в действие инструкций и правил, большевиками принимались и другие решения, касающиеся партийных документов. Так, постановлением Секретариата ЦК от 7 декабря 1922 года определялся порядок утверждения и опубликования циркуляров ЦК, предложенный Куйбышевым: «В дополнение к прежним постановлениям ЦК принять следующий порядок утверждения и опубликования циркуляров ЦК: 1) Циркуляры, вносимые на утверждение ЦК перед постановкой их на утверждение Оргбюро ЦК, обсуждаются в циркулярной комиссии, как по существу, так и с точки зрения редакционных поправок. 2) В исправленной редакции, за ответственностью циркулярной комиссии, циркуляр вносится на обсуждение в Оргбюро. 3) Оргбюро ЦК при обсуждении циркуляра определяет способ его распространения (рассылка почтой, телеграфом, опубликование в печати и т. д.). 4) Все поправки и изменения к циркуляру, принятые на заседании Оргбюро, передаются в циркулярную комиссию, после чего циркуляр в исправленном виде передается циркулярной комиссией на подпись того или другого секретаря ЦК (по определению Оргбюро). 5) Перед подписью Секретарем ЦК циркуляр должен быть соответствующим образом зарегистрирован и пронумерован циркулярной комиссией». Как видно, циркулярные документы ЦК сначала должны были проходить обсуждение на специально созданной циркулярной комиссии, а лишь затем представляться на Оргбюро ЦК. Это делалось в целях разгрузки Оргбюро как от предварительной разработки вопросов вообще, так и от решения второстепенных вопросов. По данному постановлению лишь Оргбюро определяло способ распространения документов, тем самым ставился заслон несанкционированному распространению партийных документов и информации, в том числе и секретной.