Исходя из принятого решения, при Институте Ленина создается единый партийный архив (ныне Российский государственный архив социально-политической истории), а затем и его 26 местных союзнореспубликанских и областных отделений. Все партийные и комсомольские документы с 1917 по 1925 гг. должны были передаваться не в органы Центрархива, а в архивы губкомов и обкомов партии. Таким образом, принятый ранее курс на ведомственный характер партийных архивов, был подтвержден структурно. Для хранения секретных документов в партийных архивах на местах образовывались секретные отделы. В едином партийном архиве должны были быть сосредоточены партийные документы, отложившиеся в делопроизводстве до 1921 года и отдельные документы с 1921 года, утратившие свое оперативное значение и личные фонды. Финансирование единого партийного архива предполагалось производить по смете Института Ленина. 22 марта 1929 года Секретариат ЦК принял постановление о сотрудничестве Института Ленина и Секретного отдела ЦК. В Положении о едином партийном архиве ВКП(б), утвержденном Секретариатом ЦК 28 июня 1929 года, отмечалось, что все основные директивы по руководству партийными архивами даются Институтом Ленина по согласованию с Секретным отделом ЦК. В едином партархиве создавался Секретный отдел, в котором хранились секретные документы. Вопрос о секретности материалов и их рассекречивании разрешалось совместно с представителями Института Ленина и Секретного отдела ЦК, а на местах — секретарем местной партийной организации и заведующим местным Истпартом. Таким образом, единый партийный архив разделяется на исторический и оперативный, последний с подотделами: секретным и общим.
В данный период также была проведена большая работа в целях определения сроков хранения и уничтожения партийных документов. Следует отметить, что в состав проверочных и разборочных комиссий по экспертизе ценности документов и определению сроков их хранения входил представитель от Секретного отдела ЦК ВКП(б), а на местах заведующие Секретных частей парткомов. В Инструкции горкомам о хранении конспиративных документов от 10 июля 1928 г. конспиративными считались документы ЦК (циркулярные, нормативные, распорядительные и др.). Сроки хранения конспиративных документов не были обозначены. Они определялись отделами ЦК и передавались на хранение особым образом. Хранилища партийных документов разделялись на две части: общую и секретную. Секретные документы помещались и хранились отдельно от несекретных.
Необходимо отметить, что Коллегией Центрархива была предпринята попытка сосредоточить партийные архивы в системе государственного хранения. Коллегия мотивировала тем, что в центре и на местах, был большой процент членов партии, работающих с партийными документами, сконцентрированными в хранилищах органов Центрархива, с созданными условиями отдельного секретного хранения и допуска к ним только по согласованию с партийными органами и ГПУ. Коллегия Центрархива в секретном письме (гриф «строго секретно») в Секретариат ЦК, направленному на имя Секретаря ЦК Т. П. Самсонова, считала целесообразным создание специального партийного архивного аппарата в системе Центрархива. Коллегия считала: «…материалы партийных и комсомольских организаций, потерявших практическое значение и имеющие справочно-исторический интерес, должны сдаваться в Секретно-Политические отделы архивов Октябрьской революции органов Центрархива». Кроме всего прочего, в письме предлагалось провести чистку персонала и, в необходимых случаях, заменить сотрудников секретных партийных архивов «на вполне выдержанных партийцев, достаточно грамотных и подготовленных». Организации партийных архивов в системе Центрархива, в предлагаемом варианте считалась, по мнению Центархива, экономически более целесообразным вариантом (экономия средств), чем организация самостоятельных партийных архивов. Но, в ЦК победила другая точка зрения — концентрация партайных документов в системе партийных архивов, подчиненных Институту Ленина (с ноября 1931 г. — Институт Маркса-Энгельса-Ленина при ЦК ВКП(б)). Утвержденное Секретариатом ЦК ВКП(б) 28 июня 1929 г. «Положение о едином партийном архиве» окончательно оформило самостоятельную (ведомственную и закрытую) систему партийных архивов. Через 10 лет, в соответствии с постановлением Оргбюро ЦК ВКП(б) от 2 декабря 1939 года все партийные архивы выводились из подчинения ИМЭЛ при ЦК ВКП(б) и передавались в ведение местных партийных органов, т. е. становились частью партийного аппарата. Так, к примеру, на основании этого постановления Ленинградское отделение Единого партийного архива было преобразовано в Партийный архив Ленинградского обкома партии, а с 1941 г. по 1945 г. он функционировал на правах отдела обкома и Ленинградского горкома ВКП(б).
Наряду с организацией и концентрацией партийных документов в единой системе партийных архивов, создавались специализированные секретные архивы по направлениям деятельности структурных подразделений ЦК. Так, ввиду накопления документов, а также в целях оперативного использования в работе аппарата ЦК информационного материала, по предложению рационализаторской комиссии Народного Комиссариата Рабоче-Крестьянской Инспекции СССР, вынесенного на заседании Секретариата ЦК 1 января 1931 года, был рассмотрен вопрос об организации при Оргинструкторском отделе ЦК ВКП(б) единого архива ЦК для хранения информационного материала. Организацию архива возложили на Оргинструкторский отдел ЦК, а Секретному отделу ЦК поручалось установить контроль за соблюдением в работе информационного архива установленных ЦК ВКП(б) «Правил ведения секретного делопроизводства и обращения с конспиративными материалами. Как видно, данный архив был секретным, на него распространялись правила ведения секретного делопроизводства и соблюдения режима секретности.